我滿喜歡看一些人物專訪的，因為可以從別人的人生或人生觀裡得到一些啟發。記得之前在研究所時，每週都會有 seminar，結束之後會有半個小時讓研究生和講者對話，那時候大家最愛問的問題是「你是如何走到現在的位置，或得到目前的成就？」
Dr. Ehlers 的這篇專訪有講到一個點，雖然常常很努力的想讓大家知道，但不在這個領域的人好像我們再怎麼解釋，都無法理解這有多難而且是怎樣大的一個錢坑。
"I wish the general public knew more about how important very basic science is as the foundation of innovation, whether it be new medicines, new therapies, or new technologies. I wish the general public understood just how hard it is to make a new medicine—the time, the cost, the many areas of science that must come together. I wish the general public were more aware of the size and scale of the social and economic impact of brain disorders and placed the same urgency around cures as, say, oncology."
好像很多人都以為，錢投下去就一定會研發出藥來、錢能賺得回來，而且能在幾年內賺回來，這種妄想或幻想不知道哪來的，一個藥能在十年內研發出來都算快的，一堆是花了十幾年的時間和金錢，進入 Phase II 或 Phase III 才發現此藥 GG，所以能在十年內賺回來的都算幸運的，很多是像石頭投入水中就消失不見影的那種。投錢在生技股？佛心來著的吧。
而且以上都還是在 translational science 範圍內，可望用在治療上的，一堆 basic science 是連用在治療上都感覺遙遙無期的研究，但又缺少不可的，這些研究需要花的錢和心力不亞於 translational science，卻常常因為無法立刻看見效用(應用在治療上)而被忽略，或是讓人覺得不重要。（淚）
這篇專訪中有一個小故事滿有趣的，是說他在找 NMDAR 的 binding proteins 時發現用來配 buffer 的 EGTA 用完了，那時是週末又很晚了，於是他決定省略 EGTA (配過的都知道配這很煩，我大學實驗課的時候因為配太久還被 TA 白眼)，沒想到意外發現 calmodulin 在有 Ca2+ 的情況下會 bind NMDAR。（所以這是說偷懶也許會讓人有意外的發現嗎？XD）
Dr. Ehlers 給學生和博士後的建議："I usually advise students and postdocs to pick their advisor rather than strictly their project. Selecting an advisor requires a personality match and there is no easy formula, but the right advisor can make even the most seemingly boring project come to life, and vice versa. I tell young scientists to be fearless and take risks, and aim to tackle big questions, because that is the route to real impact. I encourage students and postdocs to challenge dogma and not assume that established scientists in the field have gotten things right. I like to remind students that most experiments fail, but that it only takes one really great experiment to change the world."
其中第一點我之前有說過：找到適合的老闆很重要。他是說與其挑 project，不如挑適合自己的老闆，和自己合得來的好老闆可以讓無聊的 project 變得有趣。我自己的感覺是雖然我研究所的 project 不如現在的有趣，但是我從我老闆那學到很多，而且他也很樂意花時間指導(不是說現在的老闆不樂意，而是他太忙了)，可能有人不喜歡 micromanagement，但我覺得我指導教授帶學生的鬆緊度剛剛好，至少對我而言啦。
Dr. Ehlers 建議的第二點是要勇於嘗試和挑戰前人的觀點或主流學說，不要總覺得現有的認定就一定是對的。最後一點還滿樂觀的，就是雖然大多數的實驗都是失敗的，但幾個好的實驗就可以改變世界。聽起來很樂觀，但我覺得這點最難做到。 T_____T
原文：Neuron (2016) Q&A - Michael Ehlers, Biogen
2016年7月26日 星期二
想用咖啡提神？這是有條件的～
現代人在精神不好的時候很習慣用咖啡提神，不過在睡眠不足的情況下，咖啡真的有提神的效用嗎？
研究顯示，只有前兩天有，之後就沒用了。
六月中(6/14)在 Denver 舉行的第三十屆睡覺年會..... 哦，睡眠研討會中，其中一個由 Walter Reed Army Institute of Research 的 TJ Doty, PhD 所做的研究是關於咖啡因的提神效用，他們用雙盲測試(最近.... 嗯，前陣子很紅的詞)，先讓 48 位健康的參與者有五天每天十個小時滿足的睡眠，之後讓他們接連五天每天只能睡五個小時，這五天給他們每日兩次 200mg 的咖啡因或 placebo (安慰劑)，早上八點和中午十二點各一次，最後三天再讓他們恢復正常每晚八小時的睡眠。這段時間白天的時候會讓參與者做一些測試，測他們的心情、認知和行為表現等等。
結果顯示，在缺乏睡眠那五天的頭兩天咖啡因的確是有顯著效用，跟服用 placebo 的參與者比心情比較好，測試結果也比較好，但是在後面三天，服用咖啡因的狀況變得比服用 placebo 的還糟。
這是說如果你每天都睡眠不足的話，可以直接把星巴克的錢省下來，因為喝了也沒用的意思嗎？XD
Article:
NeuroScientist News: Caffeine has little to no benefit after 3 nights of sleep restriction
Original abstract:
#0254 (p.96) - So CJ et al. Caffeine Efficacy Across a Simulated 5-day Work Week with Sleep Restriction.
研究顯示，只有前兩天有，之後就沒用了。
六月中(6/14)在 Denver 舉行的第三十屆睡覺年會..... 哦，睡眠研討會中，其中一個由 Walter Reed Army Institute of Research 的 TJ Doty, PhD 所做的研究是關於咖啡因的提神效用，他們用雙盲測試(最近.... 嗯，前陣子很紅的詞)，先讓 48 位健康的參與者有五天每天十個小時滿足的睡眠，之後讓他們接連五天每天只能睡五個小時，這五天給他們每日兩次 200mg 的咖啡因或 placebo (安慰劑)，早上八點和中午十二點各一次，最後三天再讓他們恢復正常每晚八小時的睡眠。這段時間白天的時候會讓參與者做一些測試，測他們的心情、認知和行為表現等等。
結果顯示，在缺乏睡眠那五天的頭兩天咖啡因的確是有顯著效用，跟服用 placebo 的參與者比心情比較好，測試結果也比較好，但是在後面三天，服用咖啡因的狀況變得比服用 placebo 的還糟。
這是說如果你每天都睡眠不足的話，可以直接把星巴克的錢省下來，因為喝了也沒用的意思嗎？XD
Article:
NeuroScientist News: Caffeine has little to no benefit after 3 nights of sleep restriction
Original abstract:
#0254 (p.96) - So CJ et al. Caffeine Efficacy Across a Simulated 5-day Work Week with Sleep Restriction.
2016年7月23日 星期六
CRISPR-Cas9 的專利大戰和爭議 (updated)
要說現在生科當紅的技術是什麼，大概有 90% 的人會說是 CRISPR-Cas9（欸是 CRISPR 不是 CASPER 哦雖然長得有點像）（現在有人知道 CASPER 是什麼嗎？），不過 CRISPR-Cas9 至今引起的爭議不少，不論是在專利上面，還是在應用上的倫理問題。CRISPR 的全名是 clustered regularly interspaced palindromic repeats，當初發現的是西班牙的研究生 FJM Mojica，那時是 1993 年。他從那時起花了近十年的時間持續研究古生菌(archaea)裡這些重複的 DNA 片段，2012 年的時候正式把它命名為 CRISPR [10]，Cas9 則是其一種切割 DNA 的酵素(endonuclease)，CRISPR-Cas9 是細菌用來對抗病毒感染的一種機制。（持續二十年耶都在研究同樣的東西沒變心，好有毅力真佩服，這就是真愛阿！而且這是基礎研究，Mojica 當初研究的時候可能沒有想到後來會被拿來當 gene editing 的工具，說不定還有人覺得為什麼要花納稅人的錢研究這些感覺沒什麼用的 archaea。）
"Efforts focused entirely on examining basic mechanisms are always a hard sell for the public. Without an end goal, such efforts are intrinsically hardest to justify but without them everything from CRISPR to the Higgs Boson would remain undiscovered." -- Dr. Gord Fishell, Professor and Associate Director of the NYU Neuroscience Institute (Neuron 2016, doi: 10.1016/j.neuron.2016.07.045)
（.... a hard sell for the public..... 基礎科學的心酸啊~~ QQ）
2007，Montana State University 的博士生 Blake Wiedenheft 因為讀到關於 CRISPR 的研究覺得很有趣，便找到 UC Berkeley 的分子生物學家 Jennifer Doudna，之後加入她的團隊，接下來的五年，他在 Doudna 的實驗室研究 CRISPR [1]，2012 年二月的時候在 Nature 發表了一篇 review 解釋 CRISPR-Cas9 的機制 [11]，接著同年六月，Doudna 實驗室和 Charpentier 的團隊合作發表了一篇在 Science [12]，說他們可以使 Cas9 在他們指定的地方做一個切割的動作，就是讓 Cas9 在他們想要它切的地方把 DNA 切開。
隔年三月，Doudna 和 Charpentier 送件把這項技術申請專利，不過同年包括 Doudna 團隊在內，共有三篇關於 CRISPR-Cas9 的研究被發表，然後 MIT Broad Institue 的合成生物學家 Feng Zhang 也在十月送件申請專利，不過呢，因為 MIT 是用特急件申請，隔年也就是 2014 年的四月就得到 CRISPR-Cas9 的專利權，而最先申請的 Doudna 和 Charpentier 反而到現在還在審查當中 [2]。（好慘，幫 QQ。）
想也知道 Doudna 和 Charpentier 對於 Zhang 先拿到專利權不服(要是我也不服阿)，便在去年向 USPTO 申請調查，看到底誰才第一個發展這個技術的，於是現在變成 CRISPR-Cas9 專利權爭奪大戰，最後會落到誰家還不知道。這個專利權如果成立，則會變成 patent interference，將會對所有相關研究產生影響，因為用到這項技術的研究或實驗室都要付專利費用。不過在目前專利權還沒判決出來之前，已經有公司在賣這項技術了，像是無所不在的 Thermo Fisher。XD（不過這項技術號稱便宜又簡單，連笨蛋新手都可以輕易上手。）
"A final “nuclear option” if the Doudna/Charpentier application is not granted, Sherkow said, would be a patent dispute in court that could potentially leave both parties empty-handed. He estimates it could be three to five years before the CRISPR IP landscape will be fully settled. In the meantime, researchers and companies are employing a variety of strategies to make use of the hot technology now." (The Scientist, 2015)
（私心覺得這是最好的結果，大家可以免費使用這項技術，至於誰該得諾貝爾獎.... 那就讓評審們去傷腦筋吧。XD）
除了專利上的爭議外，MIT Broad Institue 的院長 Eric Lander 在國際三大期刊之一的 Cell 發表的一篇文章也引起爭議 [3, 10]，有裝 PubPeer 外掛的可以看到這篇文章下面吵得很精彩 XD（或點這個連結 https://goo.gl/OjdxKM）。因為 Lander 本身是 Broad Institute 的院長，而 Broad Institute 目前還在 CRISPR-Cas9 專利權爭奪戰中，他發這篇文章有利益衝突(conflict-of-interest)之嫌，加上有些人覺得他的文章忽略了一些人的貢獻，排除這些之外，這篇文章倒是講述了 CRISPR-Cas9 這二十幾年來的歷史。
"The lengths to which Lander goes to downplay Doudna's contribution are stunning. Virtually all major players are introduced with their own paragraph except Doudna, whose name appears mid-way through a paragraph about Charpentier (compare with introductions of e.g. van der Oost, Marrafini, Siksnys, Zhang). He also omits the fact that Doudna had already published 10 papers on CRISPR before her paper with Charpentier. "She had been using crystallography and cryo-EM to solve structures...." - no mention of any of the many insights from her work, in striking contrast to the detailed accounting of virtually all other investigators. The intended impression seems to be that she was a minor player, putting out a couple of technical observations, before her chance meeting with Charpentier."
然後連 Doudna 和 Charpentier 本人也加入戰局，在 PubMed 底下留言。XD
Charpentier: "I regret that the description of my and collaborators’ contributions is incomplete and inaccurate. The author did not ask me to check statements regarding me or my lab. I did not see any part of this paper prior to its submission by the author. And the journal did not involve me in the review process."
Doudna: ""…the author engaged in substantial fact checking directly with the relevant individuals." However, the description of my lab’s research and our interactions with other investigators is factually incorrect, was not checked by the author and was not agreed to by me prior to publication."
（跳一下）
這篇文章的最後說 Zhang 的專利 filed date 是 2012 十二月，但是根據專利號碼 US8697359（https://www.broadinstitute.org/files/shared/osap/pdf/US8697359.pdf）查到上面是寫 2013 十月，而且專利權的 references cited 部分，Wiedenheft 的那篇是 2011 年的 review [11]，而不是 Jinek 2012 的那篇 [12]，另外比他前面的兩篇也都是 review 而已，只有跟他同年發表，Haurwitz (Doudna Lab) 2013 年的 PNAS 那篇不是 review，感覺 Lander 的最後幾段有點刻意想強調這些都是 2012 年發生的哦，比 Jinek 2012 那篇還早。（關於時間序這點 PubPeer 上面也有人質疑）
3/2010 Sontheimer et al --> 這篇是 review
8/2011 Terns et al --> 這篇也是 review
9/2011 Wiedenheft et al --> Doudna Lab 的這篇還是 review
5/2013 Haurwitz et al --> 只有 Doudna Lab PNAS 的這篇不是 review，但是 Zhang 申請專利的的那篇(Cong et al)也是 2013 年的。
"A lot of claims, no references. How could anybody verify that Feng Zhang indeed observed the described effects in April 2011? Many other claims that are not verifiable, as no references are provided. Not very scientific, Dr. Lander."
（跳回來）
*08.20.2016 updated*
不過呢，嘖嘖~ 現在精彩了，前兩天公佈 Doudna 的一封 e-mail，是 Zhang 之前的學生 Shuailiang Lin 在 2015 年二月時寫給 Doudna 的，說他們當時一直都失敗，直到看了她們 2012 的那篇 paper (Jinek et al, Science 2012 [12])才成功，所以專利應該是屬於 Doudna 他們的，他只是想闡述事實。MIT Broad 的回應是 Lin 說的不是事實，而且他寫那封 e-mail 是在工作簽證到期、急著找下一份工作之時，信裡有部分是說希望去 Doudna 的實驗室工作 [13, 14]。到底真相是什麼呢？
MIT 和 UC Berkley 目前都花了約 5M 鎂在打專利官司上面，預估會花超過 10M [15]，不過拿到專利之後賺的錢應該會遠遠超過 10M，而且還有可能得到諾貝爾獎，花這錢值得啊，不知道最後專利權會判給誰。是說上個月看到一篇財經報導說，CRISPR 已經引起投資者關注，預估會吸引到超過 1B 鎂的投資，在 2019 年的時候 gene-editing 的市場可以達到 3.5B 鎂的價值，但是目前連專利權到底會是誰的都不知道，所以現在丟錢是在賭誰會贏嗎？XD
-
雖說學界知道 CRISPR 這個東西已經有 20 年了，不過真的可以應用在 gene-editing 上面的話，第一篇發表的 paper 應該是 Jinek 2012 那篇吧，到現在也不到五年的時間，今年六月已通過美國 NIH 核准，現在在等 FDA 認證，準備在今年年底進入 clincial trial，用來治療 HIV [4]，這項技術的發展真的超神速。這個臨床試驗是由 UPenn 的 Carl June 領導，把病人的免疫細胞 T cells 抽出來後，用 CRISPR-Cas9 插入一個癌症細胞才有的接受器基因 NY-ESO-1，然後阻斷 T-cells 表面本來就有的一個蛋白的基因 PD-1，之後再把基因改造過後的 T-cells 輸回病人體內。CRISPR-Cas9 目前最大的瓶頸就是會出現 off-site target editing，不過 June 說他們檢測了 148 個他們擔心會被 Cas9 切掉的基因，發現都是切在沒有影響的地方 [5]。聽起來好像滿安全的，不過只檢測了 148 個基因感覺有點少。
除了上面說的專利權爭議外，就是應用上的爭議，像是用在人類胚胎上有倫理上的問題，之前吵比較大的大概就是中國有研究團隊把 CRISPR-Cas9 用在人類胚胎上，他們本來是想把那篇研究發表在 Nature 或 Science 上的，結果這兩大期刊都覺得這在倫理上有問題便退了他們的稿 [9]，沒想到中國團隊就把它發表在某個小期刊上，之後就有好幾位科學家聯名在 Nature 上發了一篇文章請大家正視這個問題 [6]，Nature 也一連發了好幾篇相關新聞 [7-9]。
（題外話）今天實驗室聊到 CRISPR-Cas9 的臨床試驗，我們實驗室有人知道 CRISPR-Cas9 進入臨床後覺得沮喪，原因是他認為這樣看來 CRISPR-Cas9 似乎可以取代任何藥物治療，那他以後就沒工作了。（哭哭 XD）
2017 updated news [16-20]:
MIT Broad 贏了美國的專利，因為法官認為 MIT 和 UBC Berkeley 的專利不衝突，MIT 申請的專利並不涵蓋在 UC Berkeley 的之下，但是歐盟給了專利給 UC Berkeley，認為 UC Berkeley 的發明就已經包括 prokaryotic 和 eukaryotic，所以專利應該是屬於 UC Berkeley。
2022 updated news [21-23]:
Dr. Doudna 和 Dr. Charpentier 雖然得到 2020 Nobel Prize 的化學獎，但卻在 2022 年年初打輸了打了七前的 CRISPR 專利權官司，真是令人桑心。QQ
延伸閱讀：
關於 CRISPR-Cas9
把 CRISPR 用在人類胚胎上：這次換美國了~
-
Articles:
1. H Ledford. The unsung heroes of CRISPR. Nature, News (2016)
2. Bitter fight over CRISPR patent heats up. Nature (Jan 2016)
3. The Scientist: “Heroes of CRISPR” Disputed
4. S Reardon. First CRISPR clinical trial gets green light from US panel. Nature, News (2016)
5. J Kaiser. First proposed human test of CRISPR passes initial safety review. Science, News (2016)
6. E Lanphier et al. Don’t edit the human germ line. Nature (2015)
7. D Cyranoski. Scientists sound alarm over DNA editing of human embryos. Nature, News (2015)
8. D Cyranoski. Ethics of embryo editing divides scientists. Nature, News (2015)
9. D Cyranoski and S Reardon. Chinese scientists genetically modify human embryos. Nature, News (2015)
-
Publications:
10. E Lander. The Heroes of CRISPR. Cell (2016)
11. B Wiedenheft et al. RNA-guided genetic silencing systems in bacteria and archaea. Nature (2011)
12. M Jinek and K Chylinski et al. A Programmable Dual-RNA–Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity. Science (2012)
-
Updated news:
13. MIT Technology Review / In CRISPR Fight, Co-Inventor Says Broad Institute Misled Patent Office (Aug 17, 2016)
14. STAT / Lies, damn lies, and CRISPR: the legal battle escalates (Aug 17, 2017)
15. STAT / CRISPR patent fight: The legal bills are soaring (Aug 16, 2016)
16. Science / Round one of CRISPR patent legal battle goes to the Broad Institute (Feb 2017)
17. Nature / Broad Institute wins bitter battle over CRISPR patents (Feb 2017)
18. The Scientist / Broad Wins CRISPR Patent Interference Case (Feb 2017)
19. Science / Europe says University of California deserves broad patent for CRISPR (March 2017)
20. The Scientist / UC Berkeley Receives CRISPR Patent in Europe (March 2017)
21. Science / The latest round in the CRISPR patent battle has an apparent victor, but the fight continues (Sept 2020)
22. Science / New CRISPR patent hearing continues high-stakes legal battle (Feb 2022)
23. Science / CRISPR’s Nobel Prize winners defeated in key patent claim for genome editor (March 2022)
補充：Doudna's TED Talk
"Efforts focused entirely on examining basic mechanisms are always a hard sell for the public. Without an end goal, such efforts are intrinsically hardest to justify but without them everything from CRISPR to the Higgs Boson would remain undiscovered." -- Dr. Gord Fishell, Professor and Associate Director of the NYU Neuroscience Institute (Neuron 2016, doi: 10.1016/j.neuron.2016.07.045)
（.... a hard sell for the public..... 基礎科學的心酸啊~~ QQ）
2007，Montana State University 的博士生 Blake Wiedenheft 因為讀到關於 CRISPR 的研究覺得很有趣，便找到 UC Berkeley 的分子生物學家 Jennifer Doudna，之後加入她的團隊，接下來的五年，他在 Doudna 的實驗室研究 CRISPR [1]，2012 年二月的時候在 Nature 發表了一篇 review 解釋 CRISPR-Cas9 的機制 [11]，接著同年六月，Doudna 實驗室和 Charpentier 的團隊合作發表了一篇在 Science [12]，說他們可以使 Cas9 在他們指定的地方做一個切割的動作，就是讓 Cas9 在他們想要它切的地方把 DNA 切開。
隔年三月，Doudna 和 Charpentier 送件把這項技術申請專利，不過同年包括 Doudna 團隊在內，共有三篇關於 CRISPR-Cas9 的研究被發表，然後 MIT Broad Institue 的合成生物學家 Feng Zhang 也在十月送件申請專利，不過呢，因為 MIT 是用特急件申請，隔年也就是 2014 年的四月就得到 CRISPR-Cas9 的專利權，而最先申請的 Doudna 和 Charpentier 反而到現在還在審查當中 [2]。（好慘，幫 QQ。）
想也知道 Doudna 和 Charpentier 對於 Zhang 先拿到專利權不服(要是我也不服阿)，便在去年向 USPTO 申請調查，看到底誰才第一個發展這個技術的，於是現在變成 CRISPR-Cas9 專利權爭奪大戰，最後會落到誰家還不知道。這個專利權如果成立，則會變成 patent interference，將會對所有相關研究產生影響，因為用到這項技術的研究或實驗室都要付專利費用。不過在目前專利權還沒判決出來之前，已經有公司在賣這項技術了，像是無所不在的 Thermo Fisher。XD（不過這項技術號稱便宜又簡單，連
"A final “nuclear option” if the Doudna/Charpentier application is not granted, Sherkow said, would be a patent dispute in court that could potentially leave both parties empty-handed. He estimates it could be three to five years before the CRISPR IP landscape will be fully settled. In the meantime, researchers and companies are employing a variety of strategies to make use of the hot technology now." (The Scientist, 2015)
（私心覺得這是最好的結果，大家可以免費使用這項技術，至於誰該得諾貝爾獎.... 那就讓評審們去傷腦筋吧。XD）
除了專利上的爭議外，MIT Broad Institue 的院長 Eric Lander 在國際三大期刊之一的 Cell 發表的一篇文章也引起爭議 [3, 10]，有裝 PubPeer 外掛的可以看到這篇文章下面吵得很精彩 XD（或點這個連結 https://goo.gl/OjdxKM）。因為 Lander 本身是 Broad Institute 的院長，而 Broad Institute 目前還在 CRISPR-Cas9 專利權爭奪戰中，他發這篇文章有利益衝突(conflict-of-interest)之嫌，加上有些人覺得他的文章忽略了一些人的貢獻，排除這些之外，這篇文章倒是講述了 CRISPR-Cas9 這二十幾年來的歷史。
"The lengths to which Lander goes to downplay Doudna's contribution are stunning. Virtually all major players are introduced with their own paragraph except Doudna, whose name appears mid-way through a paragraph about Charpentier (compare with introductions of e.g. van der Oost, Marrafini, Siksnys, Zhang). He also omits the fact that Doudna had already published 10 papers on CRISPR before her paper with Charpentier. "She had been using crystallography and cryo-EM to solve structures...." - no mention of any of the many insights from her work, in striking contrast to the detailed accounting of virtually all other investigators. The intended impression seems to be that she was a minor player, putting out a couple of technical observations, before her chance meeting with Charpentier."
然後連 Doudna 和 Charpentier 本人也加入戰局，在 PubMed 底下留言。XD
Charpentier: "I regret that the description of my and collaborators’ contributions is incomplete and inaccurate. The author did not ask me to check statements regarding me or my lab. I did not see any part of this paper prior to its submission by the author. And the journal did not involve me in the review process."
Doudna: ""…the author engaged in substantial fact checking directly with the relevant individuals." However, the description of my lab’s research and our interactions with other investigators is factually incorrect, was not checked by the author and was not agreed to by me prior to publication."
（跳一下）
這篇文章的最後說 Zhang 的專利 filed date 是 2012 十二月，但是根據專利號碼 US8697359（https://www.broadinstitute.org/files/shared/osap/pdf/US8697359.pdf）查到上面是寫 2013 十月，而且專利權的 references cited 部分，Wiedenheft 的那篇是 2011 年的 review [11]，而不是 Jinek 2012 的那篇 [12]，另外比他前面的兩篇也都是 review 而已，只有跟他同年發表，Haurwitz (Doudna Lab) 2013 年的 PNAS 那篇不是 review，感覺 Lander 的最後幾段有點刻意想強調這些都是 2012 年發生的哦，比 Jinek 2012 那篇還早。（關於時間序這點 PubPeer 上面也有人質疑）
3/2010 Sontheimer et al --> 這篇是 review
8/2011 Terns et al --> 這篇也是 review
9/2011 Wiedenheft et al --> Doudna Lab 的這篇還是 review
5/2013 Haurwitz et al --> 只有 Doudna Lab PNAS 的這篇不是 review，但是 Zhang 申請專利的的那篇(Cong et al)也是 2013 年的。
"A lot of claims, no references. How could anybody verify that Feng Zhang indeed observed the described effects in April 2011? Many other claims that are not verifiable, as no references are provided. Not very scientific, Dr. Lander."
（跳回來）
*08.20.2016 updated*
不過呢，嘖嘖~ 現在精彩了，前兩天公佈 Doudna 的一封 e-mail，是 Zhang 之前的學生 Shuailiang Lin 在 2015 年二月時寫給 Doudna 的，說他們當時一直都失敗，直到看了她們 2012 的那篇 paper (Jinek et al, Science 2012 [12])才成功，所以專利應該是屬於 Doudna 他們的，他只是想闡述事實。MIT Broad 的回應是 Lin 說的不是事實，而且他寫那封 e-mail 是在工作簽證到期、急著找下一份工作之時，信裡有部分是說希望去 Doudna 的實驗室工作 [13, 14]。到底真相是什麼呢？
MIT 和 UC Berkley 目前都花了約 5M 鎂在打專利官司上面，預估會花超過 10M [15]，不過拿到專利之後賺的錢應該會遠遠超過 10M，而且還有可能得到諾貝爾獎，花這錢值得啊，不知道最後專利權會判給誰。是說上個月看到一篇財經報導說，CRISPR 已經引起投資者關注，預估會吸引到超過 1B 鎂的投資，在 2019 年的時候 gene-editing 的市場可以達到 3.5B 鎂的價值，但是目前連專利權到底會是誰的都不知道，所以現在丟錢是在賭誰會贏嗎？XD
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雖說學界知道 CRISPR 這個東西已經有 20 年了，不過真的可以應用在 gene-editing 上面的話，第一篇發表的 paper 應該是 Jinek 2012 那篇吧，到現在也不到五年的時間，今年六月已通過美國 NIH 核准，現在在等 FDA 認證，準備在今年年底進入 clincial trial，用來治療 HIV [4]，這項技術的發展真的超神速。這個臨床試驗是由 UPenn 的 Carl June 領導，把病人的免疫細胞 T cells 抽出來後，用 CRISPR-Cas9 插入一個癌症細胞才有的接受器基因 NY-ESO-1，然後阻斷 T-cells 表面本來就有的一個蛋白的基因 PD-1，之後再把基因改造過後的 T-cells 輸回病人體內。CRISPR-Cas9 目前最大的瓶頸就是會出現 off-site target editing，不過 June 說他們檢測了 148 個他們擔心會被 Cas9 切掉的基因，發現都是切在沒有影響的地方 [5]。聽起來好像滿安全的，不過只檢測了 148 個基因感覺有點少。
除了上面說的專利權爭議外，就是應用上的爭議，像是用在人類胚胎上有倫理上的問題，之前吵比較大的大概就是中國有研究團隊把 CRISPR-Cas9 用在人類胚胎上，他們本來是想把那篇研究發表在 Nature 或 Science 上的，結果這兩大期刊都覺得這在倫理上有問題便退了他們的稿 [9]，沒想到中國團隊就把它發表在某個小期刊上，之後就有好幾位科學家聯名在 Nature 上發了一篇文章請大家正視這個問題 [6]，Nature 也一連發了好幾篇相關新聞 [7-9]。
（題外話）今天實驗室聊到 CRISPR-Cas9 的臨床試驗，我們實驗室有人知道 CRISPR-Cas9 進入臨床後覺得沮喪，原因是他認為這樣看來 CRISPR-Cas9 似乎可以取代任何藥物治療，那他以後就沒工作了。（哭哭 XD）
2017 updated news [16-20]:
MIT Broad 贏了美國的專利，因為法官認為 MIT 和 UBC Berkeley 的專利不衝突，MIT 申請的專利並不涵蓋在 UC Berkeley 的之下，但是歐盟給了專利給 UC Berkeley，認為 UC Berkeley 的發明就已經包括 prokaryotic 和 eukaryotic，所以專利應該是屬於 UC Berkeley。
2022 updated news [21-23]:
Dr. Doudna 和 Dr. Charpentier 雖然得到 2020 Nobel Prize 的化學獎，但卻在 2022 年年初打輸了打了七前的 CRISPR 專利權官司，真是令人桑心。QQ
延伸閱讀：
關於 CRISPR-Cas9
把 CRISPR 用在人類胚胎上：這次換美國了~
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Articles:
1. H Ledford. The unsung heroes of CRISPR. Nature, News (2016)
2. Bitter fight over CRISPR patent heats up. Nature (Jan 2016)
3. The Scientist: “Heroes of CRISPR” Disputed
4. S Reardon. First CRISPR clinical trial gets green light from US panel. Nature, News (2016)
5. J Kaiser. First proposed human test of CRISPR passes initial safety review. Science, News (2016)
6. E Lanphier et al. Don’t edit the human germ line. Nature (2015)
7. D Cyranoski. Scientists sound alarm over DNA editing of human embryos. Nature, News (2015)
8. D Cyranoski. Ethics of embryo editing divides scientists. Nature, News (2015)
9. D Cyranoski and S Reardon. Chinese scientists genetically modify human embryos. Nature, News (2015)
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Publications:
10. E Lander. The Heroes of CRISPR. Cell (2016)
11. B Wiedenheft et al. RNA-guided genetic silencing systems in bacteria and archaea. Nature (2011)
12. M Jinek and K Chylinski et al. A Programmable Dual-RNA–Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity. Science (2012)
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Updated news:
13. MIT Technology Review / In CRISPR Fight, Co-Inventor Says Broad Institute Misled Patent Office (Aug 17, 2016)
14. STAT / Lies, damn lies, and CRISPR: the legal battle escalates (Aug 17, 2017)
15. STAT / CRISPR patent fight: The legal bills are soaring (Aug 16, 2016)
16. Science / Round one of CRISPR patent legal battle goes to the Broad Institute (Feb 2017)
17. Nature / Broad Institute wins bitter battle over CRISPR patents (Feb 2017)
18. The Scientist / Broad Wins CRISPR Patent Interference Case (Feb 2017)
19. Science / Europe says University of California deserves broad patent for CRISPR (March 2017)
20. The Scientist / UC Berkeley Receives CRISPR Patent in Europe (March 2017)
21. Science / The latest round in the CRISPR patent battle has an apparent victor, but the fight continues (Sept 2020)
22. Science / New CRISPR patent hearing continues high-stakes legal battle (Feb 2022)
23. Science / CRISPR’s Nobel Prize winners defeated in key patent claim for genome editor (March 2022)
補充：Doudna's TED Talk
2016年7月17日 星期日
(轉舊文) 筆記：博士畢業了，然後呢？(mentorship notes)
今年請的是 UT 的某位女教授，研究阿茲罕默症的，有跟藥廠合作，手上好幾個專利，除了第一天晚上的公開演講是自己的研究內容，第二天早上是講自己的學經歷，下午有 workshop 講學術和業界的職業方向和回答同學問題，感覺受益良多。
"Your currency is paper." 是她常常講的，發表論文在期刊是很重要的，找工作人家第一個就先看你發表了什麼和多少。
之前一直有疑問，到底生醫方面的基礎科學念博士出來後能做什麼，真的只能當大學教授嗎？即使已經在念博士了還是很疑惑阿~ 會選擇唸博士的原因很簡單，首先就是聽了很多的「碩士唸出來不上不下什麼都不是，薪水也沒比大學畢業高多少，到生技公司也只能當業務，要嘛就拿個大學學歷就好了，要嘛就唸到博士」之類的話。我一點都不想當業務阿~ 我最不會社交了，當業務不是自找死路嗎？雖然說也許不只是當業務這條路而已，但以研究方面來說，大概就只能永遠當個助理或 lab tech，雖說這沒什麼不好，我自己也覺得沒差，因為我本來就只想做研究的工作，這兩者個工作內容和我想要的沒差多少，但似乎永遠就只能到這樣，既然如此，何不邊做邊拿學位呢？既然都是做一樣的東西，與其只做 RA，不如多付個學費幾年過後畢業了還多個博士學位，看來是一舉兩得的事。(應該是吧？)
只是.... 博士的缺有那麼多嗎？會不會供過於求？唸完博士只能當教授嗎？如果不想教書要做什麼？這些都是心裡的疑惑，因為我比較想做學術或偏臨床的研究，所以想待在學術界(academia)，但又不是很想教書，而這次的講者回答了許多實用的問題，我覺得啦~ 至少回答了我心裡面的疑惑。
以下是記下來的部分。
有人說做生醫方面的研究要去美國，其實不盡然，如果比較喜歡加拿大的環境也可以只待在加拿大，講者到目前所有的工作都是只在加拿大，所以這次講的情形也多是加拿大目前的情況。
學術界有三條主要出路：
1) 在大學，教書/研究差不多各半，但剛出來的新教授可能需要做些行政(administration)方面的事，這些在找工作時都會列在 criteria 裡面，不想教大學生的可選沒大學部的學校。
2) 待在 Centre/Institute，工作比例大概是研究佔 80%，行政 15%，教書 5%，但通常會有五年 rotation contract，講者說她工作的 institute 還有要求每年每間實驗室要發表五篇 papers，但無須擔心五年到了或發表不到五篇要怎麼辦，因為這些都是很彈性的，很少會因為拿不到 funding 或發表篇數不到就趕人，因為大家都了解情況。有時候就是會有段時間拿不到 funding，但下一年就會有了，有的領域沒辦法每年都五篇，可能會這兩年都只有一兩篇，但接下來那年就會有個八、九篇的情況，通常研究都會有這樣的循環週期。
There is criteria, but everything is flexible.
3) 不想做研究只想教書的可以當 instructor/lecturer，這就是 100% 純教書，加拿大有些學校也有純教書的 tenure，要自己找找看，沒記錯的話 UBC 有。
所以她說博士唸出來後不一定要當教授，還是有其它的出路，看你的興趣和想做的東西是什麼，如果想教書就去大學，不想教書就去 centre 或 institute，但目前大學教授的職缺很少，所以能的話就往其它方向發展。他有學生畢業後跑去 Nature Medicine 當編輯(editor)，也有認識的人畢業後加唸法律，最後去做處理專利事務的律師。
目前加拿大教授職缺少的原因是政策改了，以前教授是要退休的，現在是不用退休，他說他唸研究所的時候，人家跟他說你現在念正是 good timing，因為等你畢業那些老教授都退休了，結果他畢業的時候政策改了，那些教授都不用退休。很多老教授都佔住職缺，導致年輕教授進不來。有的學校逼老教授退休的方法是縮小他的實驗室，他知道有個教授已經八十幾了，還不退休的原因是因為他有一個 RA 和一個 lab tech 跟了他很久了，只差四、五年就可以全退，他如果現在退的話，那兩個人就要走人，但依年紀也很難再找到工作。所以他跟學校說，你只要給我一個辦公室，一個小實驗室可以做研究，讓他再撐個幾年好讓那兩個人可以全退，他可以不領薪水，只要讓他的 RA 和 tech 待到可以全退就好了。他說 UBC 也有一對老教授夫妻，兩位都七、八十歲了，還是照樣在教書做研究。(話說我以前在 UBC co-op 時的老闆看起來應該也有六、七十了，但看起來還是身體強健照樣做研究，只是他的實驗室真的又小又舊，而且是在醫院裡面。)
再來是關於業界的，提到了生技公司(biotech)和藥廠(pharmaceutical co.)的不同。
生技公司給的計劃範圍較廣，東西要自己學，資源也比較少，可以跟著一起成長，比較有升遷的機會，但冒的風險比較大，所以如果你有家庭需要照顧，可能就不適合選生技公司。藥廠的計劃範圍比較窄，資源多也比較穩定，但你有的就是手上的，較沒升遷的機會。藥廠的話可能同時有好幾個線在開發新藥，但會觀察哪個線跑最快或最有賺頭，時機到了以後就收掉小的線，並不是那個線的人做不好或是怎樣，純粹就是收掉後大家一起攻最有賺頭的那條，所以想待藥廠的也要有自己的計劃可能隨時會被收掉的心理準備。還有現在藥廠比較朝還不能控制的疾病發展，那些不能治癒但已經有藥可以控制病情的，例如心臟病血壓藥之類的，目前大多數公司不會想繼續往那邊發展，傾向往還沒有藥可以控制的病方面做研究。
現在業界的情況是一個併一個，藥廠併生技公司，大公司併小公司，小公司併小小公司，併的結果是裁員，但並不是說工作機會減少了，因為他們想要裁掉的是舊的，希望吸收新血、新的點子，所以以年輕世代來說，工作機會應該反而是增加的。她舉了舊式研發新藥的例子，目前找新藥的方式是由機器隨機大量生產出各類的 compounds/chemicals，然後需要哪方面的功能就設計出一套掃藥模式，然後把那些 compounds 掃過一輪看哪個出現想要的結果，這個方法用了 25 年了卻只有一個成功掃出來的案例 -- Vioxx，但後來此藥因為副作用下架了。(我之前有篇關於 Voixx 的新聞文章)
關於併公司，她自己有過的經驗是自己的研究成果賣給小公司，結果小公司被大公司買走了，所以對她來說算是不錯的結果，因為他們照樣提供資金。另外，她還說比起以往多是在自己公司裡做研發，目前的情況是傾向找學校的基礎研究成果，提供資金給學校實驗室做研發。
還有提到專利(patent)的事情，如果手上有要申請專利的東西，就不能在任何地方發表過，包括小至系上的 seminar，所以你要是有東西想申請專利.... shut up your mouth and keep it secret。他有個專利差點在澳洲拿不到就是因為她在某個期刊上寫了一句 "possible for pharmaceutical therapy"。還有如果你找工作時公司要你簽署 disclosure aggreement，不要害怕簽它，因為這也可以保護你。
再來是關於博士後的部分：
1) able to run your own show (唸博士的時候有老闆指導你，博士後就要可以自己完全獨立做研究。)
2) is supervisor control free? (是他指定你要做什麼，還是你自己要想做什麼？)
3) institute/program 的環境是否你喜歡
4) 通常都做兩個 PDF (post-doc fellowship)，很少人只做一個 PDF 然後做很久的。
5) 在做第二個 PDF 的第一年就要開始找工作，因為學術界的動作很慢，有時候會拖很久。
6) If you find you don't like your lab or projects, RUN! Seriously, run, in 6 months. Don't wait till 2 yrs and there's still no results/data. (看情況不對就走人，越早走越好，因為如果你待了半年沒 papers 還情有可原，待了兩年卻沒有 papers 可能人家連給你解釋的機會都沒有。他這樣說是說因為 "paper is your currency"，你找工作人家第一個就是看你的 publications，如果看到你做了兩三年卻沒有 paper 就 .....)
還有關於博士後找實驗室的，她舉了她同期朋友的例子，說他朋友找了一個實驗室，老闆給兩三個博士後一模一樣的計劃相互競爭，看誰先做出來就先發表。她朋友剛進實驗室的時候不覺，面試的時候也沒人跟她講這個情況，結果待幾個月後發現有兩個博士後跟她做一樣的計劃後，她就立刻走人了。她是舉哈佛當例子，但說並不是只有哈佛這樣，其它學校有的實驗室也有這個情況。所以面試的時候不只要跟教授談話，也要跟實驗室裡面的人聊天 .... and hopefully, they will tell you the truth.
最後，不要侷限你的領域範圍，你現在可能是個 chemist，但以後可能會變成 immunologist，講者說他會有現在的成就也是因為他的 diverse background，他大學是唸化學的，但會唸化學純粹是因為那科的成績最好，有時間的話多嘗試不同領域的研究，可以幫助你找到你喜歡和想要的工作方向。
以上先醬。
(2009 Nov)
"Your currency is paper." 是她常常講的，發表論文在期刊是很重要的，找工作人家第一個就先看你發表了什麼和多少。
之前一直有疑問，到底生醫方面的基礎科學念博士出來後能做什麼，真的只能當大學教授嗎？即使已經在念博士了還是很疑惑阿~ 會選擇唸博士的原因很簡單，首先就是聽了很多的「碩士唸出來不上不下什麼都不是，薪水也沒比大學畢業高多少，到生技公司也只能當業務，要嘛就拿個大學學歷就好了，要嘛就唸到博士」之類的話。我一點都不想當業務阿~ 我最不會社交了，當業務不是自找死路嗎？雖然說也許不只是當業務這條路而已，但以研究方面來說，大概就只能永遠當個助理或 lab tech，雖說這沒什麼不好，我自己也覺得沒差，因為我本來就只想做研究的工作，這兩者個工作內容和我想要的沒差多少，但似乎永遠就只能到這樣，既然如此，何不邊做邊拿學位呢？既然都是做一樣的東西，與其只做 RA，不如多付個學費幾年過後畢業了還多個博士學位，看來是一舉兩得的事。(應該是吧？)
只是.... 博士的缺有那麼多嗎？會不會供過於求？唸完博士只能當教授嗎？如果不想教書要做什麼？這些都是心裡的疑惑，因為我比較想做學術或偏臨床的研究，所以想待在學術界(academia)，但又不是很想教書，而這次的講者回答了許多實用的問題，我覺得啦~ 至少回答了我心裡面的疑惑。
以下是記下來的部分。
有人說做生醫方面的研究要去美國，其實不盡然，如果比較喜歡加拿大的環境也可以只待在加拿大，講者到目前所有的工作都是只在加拿大，所以這次講的情形也多是加拿大目前的情況。
學術界有三條主要出路：
1) 在大學，教書/研究差不多各半，但剛出來的新教授可能需要做些行政(administration)方面的事，這些在找工作時都會列在 criteria 裡面，不想教大學生的可選沒大學部的學校。
2) 待在 Centre/Institute，工作比例大概是研究佔 80%，行政 15%，教書 5%，但通常會有五年 rotation contract，講者說她工作的 institute 還有要求每年每間實驗室要發表五篇 papers，但無須擔心五年到了或發表不到五篇要怎麼辦，因為這些都是很彈性的，很少會因為拿不到 funding 或發表篇數不到就趕人，因為大家都了解情況。有時候就是會有段時間拿不到 funding，但下一年就會有了，有的領域沒辦法每年都五篇，可能會這兩年都只有一兩篇，但接下來那年就會有個八、九篇的情況，通常研究都會有這樣的循環週期。
There is criteria, but everything is flexible.
3) 不想做研究只想教書的可以當 instructor/lecturer，這就是 100% 純教書，加拿大有些學校也有純教書的 tenure，要自己找找看，沒記錯的話 UBC 有。
所以她說博士唸出來後不一定要當教授，還是有其它的出路，看你的興趣和想做的東西是什麼，如果想教書就去大學，不想教書就去 centre 或 institute，但目前大學教授的職缺很少，所以能的話就往其它方向發展。他有學生畢業後跑去 Nature Medicine 當編輯(editor)，也有認識的人畢業後加唸法律，最後去做處理專利事務的律師。
目前加拿大教授職缺少的原因是政策改了，以前教授是要退休的，現在是不用退休，他說他唸研究所的時候，人家跟他說你現在念正是 good timing，因為等你畢業那些老教授都退休了，結果他畢業的時候政策改了，那些教授都不用退休。很多老教授都佔住職缺，導致年輕教授進不來。有的學校逼老教授退休的方法是縮小他的實驗室，他知道有個教授已經八十幾了，還不退休的原因是因為他有一個 RA 和一個 lab tech 跟了他很久了，只差四、五年就可以全退，他如果現在退的話，那兩個人就要走人，但依年紀也很難再找到工作。所以他跟學校說，你只要給我一個辦公室，一個小實驗室可以做研究，讓他再撐個幾年好讓那兩個人可以全退，他可以不領薪水，只要讓他的 RA 和 tech 待到可以全退就好了。他說 UBC 也有一對老教授夫妻，兩位都七、八十歲了，還是照樣在教書做研究。(話說我以前在 UBC co-op 時的老闆看起來應該也有六、七十了，但看起來還是身體強健照樣做研究，只是他的實驗室真的又小又舊，而且是在醫院裡面。)
再來是關於業界的，提到了生技公司(biotech)和藥廠(pharmaceutical co.)的不同。
生技公司給的計劃範圍較廣，東西要自己學，資源也比較少，可以跟著一起成長，比較有升遷的機會，但冒的風險比較大，所以如果你有家庭需要照顧，可能就不適合選生技公司。藥廠的計劃範圍比較窄，資源多也比較穩定，但你有的就是手上的，較沒升遷的機會。藥廠的話可能同時有好幾個線在開發新藥，但會觀察哪個線跑最快或最有賺頭，時機到了以後就收掉小的線，並不是那個線的人做不好或是怎樣，純粹就是收掉後大家一起攻最有賺頭的那條，所以想待藥廠的也要有自己的計劃可能隨時會被收掉的心理準備。還有現在藥廠比較朝還不能控制的疾病發展，那些不能治癒但已經有藥可以控制病情的，例如心臟病血壓藥之類的，目前大多數公司不會想繼續往那邊發展，傾向往還沒有藥可以控制的病方面做研究。
現在業界的情況是一個併一個，藥廠併生技公司，大公司併小公司，小公司併小小公司，併的結果是裁員，但並不是說工作機會減少了，因為他們想要裁掉的是舊的，希望吸收新血、新的點子，所以以年輕世代來說，工作機會應該反而是增加的。她舉了舊式研發新藥的例子，目前找新藥的方式是由機器隨機大量生產出各類的 compounds/chemicals，然後需要哪方面的功能就設計出一套掃藥模式，然後把那些 compounds 掃過一輪看哪個出現想要的結果，這個方法用了 25 年了卻只有一個成功掃出來的案例 -- Vioxx，但後來此藥因為副作用下架了。(我之前有篇關於 Voixx 的新聞文章)
關於併公司，她自己有過的經驗是自己的研究成果賣給小公司，結果小公司被大公司買走了，所以對她來說算是不錯的結果，因為他們照樣提供資金。另外，她還說比起以往多是在自己公司裡做研發，目前的情況是傾向找學校的基礎研究成果，提供資金給學校實驗室做研發。
還有提到專利(patent)的事情，如果手上有要申請專利的東西，就不能在任何地方發表過，包括小至系上的 seminar，所以你要是有東西想申請專利.... shut up your mouth and keep it secret。他有個專利差點在澳洲拿不到就是因為她在某個期刊上寫了一句 "possible for pharmaceutical therapy"。還有如果你找工作時公司要你簽署 disclosure aggreement，不要害怕簽它，因為這也可以保護你。
再來是關於博士後的部分：
1) able to run your own show (唸博士的時候有老闆指導你，博士後就要可以自己完全獨立做研究。)
2) is supervisor control free? (是他指定你要做什麼，還是你自己要想做什麼？)
3) institute/program 的環境是否你喜歡
4) 通常都做兩個 PDF (post-doc fellowship)，很少人只做一個 PDF 然後做很久的。
5) 在做第二個 PDF 的第一年就要開始找工作，因為學術界的動作很慢，有時候會拖很久。
6) If you find you don't like your lab or projects, RUN! Seriously, run, in 6 months. Don't wait till 2 yrs and there's still no results/data. (看情況不對就走人，越早走越好，因為如果你待了半年沒 papers 還情有可原，待了兩年卻沒有 papers 可能人家連給你解釋的機會都沒有。他這樣說是說因為 "paper is your currency"，你找工作人家第一個就是看你的 publications，如果看到你做了兩三年卻沒有 paper 就 .....)
還有關於博士後找實驗室的，她舉了她同期朋友的例子，說他朋友找了一個實驗室，老闆給兩三個博士後一模一樣的計劃相互競爭，看誰先做出來就先發表。她朋友剛進實驗室的時候不覺，面試的時候也沒人跟她講這個情況，結果待幾個月後發現有兩個博士後跟她做一樣的計劃後，她就立刻走人了。她是舉哈佛當例子，但說並不是只有哈佛這樣，其它學校有的實驗室也有這個情況。所以面試的時候不只要跟教授談話，也要跟實驗室裡面的人聊天 .... and hopefully, they will tell you the truth.
最後，不要侷限你的領域範圍，你現在可能是個 chemist，但以後可能會變成 immunologist，講者說他會有現在的成就也是因為他的 diverse background，他大學是唸化學的，但會唸化學純粹是因為那科的成績最好，有時間的話多嘗試不同領域的研究，可以幫助你找到你喜歡和想要的工作方向。
以上先醬。
(2009 Nov)
2016年7月10日 星期日
Dolly the Sheep: 桃莉羊二十週年 (updated)
Dolly the Sheep, 桃莉羊已經 20 年了，Nature 今年專訪了當初參與製造桃莉羊的科學家，聊聊當初製造桃莉羊的情景。
桃莉羊是英國愛丁堡附近的 Roslin Institute 和(金主) PPL Therapeutics 於 1996 年時合作出來的成果 [1]，但其實在 Dolly 出生的前一年，他們已經成功作出了兩隻複製羊 Morag 和 Megan [2]。複製羊的重點在於把卵子的細胞核抽空(enucleation)之後，放入已經受精後的細胞(已經有成對的染色體)，卵子不用受精也可以長成胚胎，證明生命的起源和傳承都是在 DNA，這個技術叫 nuclear transfer。兩者的不同在於 Morag 和 Megan 的染色體來源細胞是培養的胚胎細胞，Dolly 的染色體來源則是已經成年的六歲白面綿羊品種 Finn Dorset 的乳腺細胞，放入被抽空染色體的蘇格蘭黑面羊的卵子，然後桃莉羊在隔年 1997 的七月五日誕生了。
Dolly the Sheep (1997-2003); Roslin Institute, Edinburgh
桃莉羊誕生之後震驚了全世界，很多人都擔心如果可以複製羊，那會不會有人拿來複製人？結果擔心的事到現在還沒發生，反倒是不久前中國把最新技術 CRISPR-Cas9 用在人類胚胎細胞上後引起 Nature 發了好幾篇文章譴責 XD。扯遠了跳回來，其實桃莉羊引起關注是出乎科學家意外的，因為科學家覺得 Morag 和 Megan 才是重大突破，Dolly 則是在這兩隻複製羊之後可預期的結果，不過雖說如此，之前在青蛙上的試驗都不成功，用成蛙細胞來複製的胚胎只能長成蝌蚪，無法變成青蛙，所以他們本來也不抱太大期望，沒想到 Dolly 可以成功長大，只是牠也只活到六歲半而已， 2003 年二月離開了。
之前大學時上 Human Genetics 的時候，教授有討論過桃莉羊，Dolly 是用六歲成羊的 DNA 複製出來的，那牠是一生出來就是六歲了嗎？只活六年是這個原因嗎？還是用成羊的 DNA 複製出來的生物老化的比較快呢？技術發展太快，這個答案還沒解開現在已經有 iPS 證明細胞可以被 reprogram，連最新最夯的 CRISPR 在年底都要開始 clincial trail。
btw, 看了這篇才知道 Dolly 是 name after Dolly Parton。(但我還是孤狗了一下才知道她是誰 XD)
-
0726 updated:
這是今天在 Reddit 討論度頗高的一篇(早上看的時候還排第一，剛剛看是第十四，去年瘋傳的冰桶挑戰 Bucket Challenge 贊助的 ALS 研究發現相關基因目前是第三高)，是桃莉羊再複製的專訪。今年是桃莉羊二十週年，對桃莉羊稍微有點了解的就知道牠只活了 6.5 歲，這讓大家因此對複製動物有疑慮，不知道用 somatic cells (adult cells) 來複製的動物為什麼會早死，是因為老化比較快嗎？還是比較不健康呢？為了確認 SCNT (somatic-cell nuclear transfer)是否真的有問題，英國諾丁漢大學的 Dr. Sinclair 和他的團隊又再複製了四隻桃莉羊，也就是把當初用來複製桃莉羊的乳腺細胞的染色體拿來用 SCNT 再複製了四隻桃莉羊 [3]。
這四隻羊於 2007 年出生，至今已經九歲了還仍然健康地活碰亂跳著，Dr. Sinclair 為了確認這四隻羊是不是有快速老化，或老的比較早的現象，為牠們做了幾個老化指標的檢查，包括代謝問題、肥胖、高血壓和關節炎(桃莉羊有關節炎)，發現這四隻羊都沒這些問題。雖然跟自然交配和體外交配(IVF)相比，失敗率和死亡率還是偏高，但是成功活過 perinatal period 的羊都是健康，而且是正常老化的。
-
Nature 在桃莉羊十年時的文章：
Cloning special: Dolly: a decade on (doi:10.1038/445800a)
桃莉羊再複製專訪(by ResearchGate)：Dolly the sheep clones age healthily
Publications:
1. I Wilmut et al, Viable offspring derived from fetal and adult mammalian cells. Nature (1997)
2. KHS Campbell et al, Sheep cloned by nuclear transfer from a cultured cell line. Nature (1996)
3. KD Sinclair et al, Healthy ageing of cloned sheep. Nature (2016)
桃莉羊是英國愛丁堡附近的 Roslin Institute 和(金主) PPL Therapeutics 於 1996 年時合作出來的成果 [1]，但其實在 Dolly 出生的前一年，他們已經成功作出了兩隻複製羊 Morag 和 Megan [2]。複製羊的重點在於把卵子的細胞核抽空(enucleation)之後，放入已經受精後的細胞(已經有成對的染色體)，卵子不用受精也可以長成胚胎，證明生命的起源和傳承都是在 DNA，這個技術叫 nuclear transfer。兩者的不同在於 Morag 和 Megan 的染色體來源細胞是培養的胚胎細胞，Dolly 的染色體來源則是已經成年的六歲白面綿羊品種 Finn Dorset 的乳腺細胞，放入被抽空染色體的蘇格蘭黑面羊的卵子，然後桃莉羊在隔年 1997 的七月五日誕生了。
Dolly the Sheep (1997-2003); Roslin Institute, Edinburgh
桃莉羊誕生之後震驚了全世界，很多人都擔心如果可以複製羊，那會不會有人拿來複製人？結果擔心的事到現在還沒發生，反倒是不久前中國把最新技術 CRISPR-Cas9 用在人類胚胎細胞上後引起 Nature 發了好幾篇文章譴責 XD。扯遠了跳回來，其實桃莉羊引起關注是出乎科學家意外的，因為科學家覺得 Morag 和 Megan 才是重大突破，Dolly 則是在這兩隻複製羊之後可預期的結果，不過雖說如此，之前在青蛙上的試驗都不成功，用成蛙細胞來複製的胚胎只能長成蝌蚪，無法變成青蛙，所以他們本來也不抱太大期望，沒想到 Dolly 可以成功長大，只是牠也只活到六歲半而已， 2003 年二月離開了。
之前大學時上 Human Genetics 的時候，教授有討論過桃莉羊，Dolly 是用六歲成羊的 DNA 複製出來的，那牠是一生出來就是六歲了嗎？只活六年是這個原因嗎？還是用成羊的 DNA 複製出來的生物老化的比較快呢？技術發展太快，這個答案還沒解開現在已經有 iPS 證明細胞可以被 reprogram，連最新最夯的 CRISPR 在年底都要開始 clincial trail。
btw, 看了這篇才知道 Dolly 是 name after Dolly Parton。(但我還是孤狗了一下才知道她是誰 XD)
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0726 updated:
這是今天在 Reddit 討論度頗高的一篇(早上看的時候還排第一，剛剛看是第十四，去年瘋傳的冰桶挑戰 Bucket Challenge 贊助的 ALS 研究發現相關基因目前是第三高)，是桃莉羊再複製的專訪。今年是桃莉羊二十週年，對桃莉羊稍微有點了解的就知道牠只活了 6.5 歲，這讓大家因此對複製動物有疑慮，不知道用 somatic cells (adult cells) 來複製的動物為什麼會早死，是因為老化比較快嗎？還是比較不健康呢？為了確認 SCNT (somatic-cell nuclear transfer)是否真的有問題，英國諾丁漢大學的 Dr. Sinclair 和他的團隊又再複製了四隻桃莉羊，也就是把當初用來複製桃莉羊的乳腺細胞的染色體拿來用 SCNT 再複製了四隻桃莉羊 [3]。
這四隻羊於 2007 年出生，至今已經九歲了還仍然健康地活碰亂跳著，Dr. Sinclair 為了確認這四隻羊是不是有快速老化，或老的比較早的現象，為牠們做了幾個老化指標的檢查，包括代謝問題、肥胖、高血壓和關節炎(桃莉羊有關節炎)，發現這四隻羊都沒這些問題。雖然跟自然交配和體外交配(IVF)相比，失敗率和死亡率還是偏高，但是成功活過 perinatal period 的羊都是健康，而且是正常老化的。
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Nature 在桃莉羊十年時的文章：
Cloning special: Dolly: a decade on (doi:10.1038/445800a)
桃莉羊再複製專訪(by ResearchGate)：Dolly the sheep clones age healthily
Publications:
1. I Wilmut et al, Viable offspring derived from fetal and adult mammalian cells. Nature (1997)
2. KHS Campbell et al, Sheep cloned by nuclear transfer from a cultured cell line. Nature (1996)
3. KD Sinclair et al, Healthy ageing of cloned sheep. Nature (2016)
[存參] CIHR reform
關於加拿大 CIHR 的新聞，上個禮拜新聞都出來後才收到連署的 e-mail (最下面)，發現連署 open letter 的名單裡有我大學和研究所的老闆，還有 committee members。XD
CIHR: Message from the Minister of Health to Canada's health research community
CIHR: Message from Dr. Alain Beaudet to Canada's health research community
1. [The Scientist] Researchers to CIHR: Reverse Peer Review Changes
The changes are part of a system revamp initiated by CIHR President Alain Beaudet a few years ago after receiving recommendations from an international review panel led by the former US National Institutes of Health director, Elias Zerhouni, Science reported. In an effort to reduce researchers’ burden of constantly applying for grants, the CIHR created two types of grants: in addition to more-traditional “Project scheme” grants, which offer five years of funding for more focused research projects, the agency now offers “Foundation scheme” grants, which provide annual funding for up to seven years, for more open-ended research. And in an effort to improve “quality, fairness and transparency” and reduce reviewer fatigue, the CIHR instituted an online system that distributes grant applications to four reviewers who participate in virtual discussion mediated by 140 other scientists.
2. W Kondro, Update: Canada's health funder agrees to meet with researchers outraged by peer-review changes. Science (2016)
“CIHR embarked on the reform of its open funding programs and peer review process to improve the sustainability of our health research system, the transparency and fairness of our granting processes, and the quality and impact of the research supported by federal investments,” he wrote. “However, the online system implemented to ensure an unbiased and tailored evaluation of each research proposal has raised serious concerns among applicants and reviewers alike.
Under the reforms, CIHR essentially obliterated its array of existing grant programs, replacing them with a regime that essentially awards two types of grants: “Foundation scheme” grants that provided $38,800 to $1.16 million annually for up to 7 years for work on more open-ended research (with duration and size pegged to how “established” a researcher was); and “Project scheme” grants of $38,800 to $581,000 annually for up to 5 years for more focused research projects.
3. W Kondro, After protest, Canada’s health science funder reverses course on peer review changes. Science (2016)
"At an all-day meeting here with roughly 50 practicing scientists, convened at the behest of federal health minister Jane Philpott to quell an uprising over CIHR grantsmaking reforms, Beaudet agreed to the introduction of a “hybrid” peer review system. It will use on-line review to cull roughly 60% of grants from consideration, with the surviving 40% of proposals subject to face-to-face peer review to determine actual competition winners."
--
This email is excerpted and revised from a message Brian Christie as CIHR delegate sent to University of Victoria health researchers.
Dear Colleagues,
Over the past two years CIHR has reformed their granting programs and peer review system. These reforms, coupled with the low levels of funding success rates and fewer competitions, many of us believe, have had a negative impact on the Canadian health research community. The concerns in the research community has also been reported in international, national and municipal news outlets such as :
CBC: http://www.cbc.ca/news/health/cihr-health-science-research-funding-controversy-1.3649635
Ottawa citizen: http://ottawacitizen.com/news/local-news/scientists-urge-health-minister-to-stop-failed-experiment-at-cihr
Science Magazine:
http://www.sciencemag.org/news/2016/07/canada-outraged-health-researchers-demand-end-peer-review-changes?utm_source=newsfromscience&utm_medium=twitter&utm_campaign=peerup-5456
These concerns have now lead to an emergency meeting called by the Minister of Health to listen to the concerns raised by researchers on the new CIHR on the peer review system.
http://ottawacitizen.com/news/local-news/health-minister-calls-emergency-meeting-to-deal-with-cihr-reform-revolt
We are interested in understanding how these recent CIHR reforms may have affected your ability to conduct research and as such are asking you to please take the time to fill out this survey (150 people have completed this already). The data will be used to quantitatively assess the current situation our research community is facing. http://survey.ubc.ca/surveys/37-5be05ffd3c35dc1d006efa42bba/canadian-pi-survey/
Furthermore there are two online letter/petitions that offer you the chance to add your voice:
- The Canadian Society for Molecular Biosciences has just started an online petition to demand that CIHR returns to face-to-face peer review for the fall competitions, and that the Science review panel requires this as standard for tricouncil funding - a fallback plan if no action should be taken for the fall. https://www.csmb-scbm.ca/advocacy/Petition.aspx
- There is also an excellent letter by Jim Woodgett many people (over 1200) have signed already. If you have not signed the Woodgett letter and would like to, it can be viewed at: https://docs.google.com/document/d/1nzzO0tskEat4da-9azA0sv1PoqKt2NvKAN4Z0ErZdiE/edit?pref=2&pli=1 For this letter, you simply insert your name and affiliation into the online document and the author will accept the changes after reviewing them.
Many thanks to Brian Christie for the bones of this email.
CIHR: Message from the Minister of Health to Canada's health research community
CIHR: Message from Dr. Alain Beaudet to Canada's health research community
1. [The Scientist] Researchers to CIHR: Reverse Peer Review Changes
The changes are part of a system revamp initiated by CIHR President Alain Beaudet a few years ago after receiving recommendations from an international review panel led by the former US National Institutes of Health director, Elias Zerhouni, Science reported. In an effort to reduce researchers’ burden of constantly applying for grants, the CIHR created two types of grants: in addition to more-traditional “Project scheme” grants, which offer five years of funding for more focused research projects, the agency now offers “Foundation scheme” grants, which provide annual funding for up to seven years, for more open-ended research. And in an effort to improve “quality, fairness and transparency” and reduce reviewer fatigue, the CIHR instituted an online system that distributes grant applications to four reviewers who participate in virtual discussion mediated by 140 other scientists.
2. W Kondro, Update: Canada's health funder agrees to meet with researchers outraged by peer-review changes. Science (2016)
“CIHR embarked on the reform of its open funding programs and peer review process to improve the sustainability of our health research system, the transparency and fairness of our granting processes, and the quality and impact of the research supported by federal investments,” he wrote. “However, the online system implemented to ensure an unbiased and tailored evaluation of each research proposal has raised serious concerns among applicants and reviewers alike.
Under the reforms, CIHR essentially obliterated its array of existing grant programs, replacing them with a regime that essentially awards two types of grants: “Foundation scheme” grants that provided $38,800 to $1.16 million annually for up to 7 years for work on more open-ended research (with duration and size pegged to how “established” a researcher was); and “Project scheme” grants of $38,800 to $581,000 annually for up to 5 years for more focused research projects.
3. W Kondro, After protest, Canada’s health science funder reverses course on peer review changes. Science (2016)
"At an all-day meeting here with roughly 50 practicing scientists, convened at the behest of federal health minister Jane Philpott to quell an uprising over CIHR grantsmaking reforms, Beaudet agreed to the introduction of a “hybrid” peer review system. It will use on-line review to cull roughly 60% of grants from consideration, with the surviving 40% of proposals subject to face-to-face peer review to determine actual competition winners."
--
This email is excerpted and revised from a message Brian Christie as CIHR delegate sent to University of Victoria health researchers.
Dear Colleagues,
Over the past two years CIHR has reformed their granting programs and peer review system. These reforms, coupled with the low levels of funding success rates and fewer competitions, many of us believe, have had a negative impact on the Canadian health research community. The concerns in the research community has also been reported in international, national and municipal news outlets such as :
CBC: http://www.cbc.ca/news/health/cihr-health-science-research-funding-controversy-1.3649635
Ottawa citizen: http://ottawacitizen.com/news/local-news/scientists-urge-health-minister-to-stop-failed-experiment-at-cihr
Science Magazine:
http://www.sciencemag.org/news/2016/07/canada-outraged-health-researchers-demand-end-peer-review-changes?utm_source=newsfromscience&utm_medium=twitter&utm_campaign=peerup-5456
These concerns have now lead to an emergency meeting called by the Minister of Health to listen to the concerns raised by researchers on the new CIHR on the peer review system.
http://ottawacitizen.com/news/local-news/health-minister-calls-emergency-meeting-to-deal-with-cihr-reform-revolt
We are interested in understanding how these recent CIHR reforms may have affected your ability to conduct research and as such are asking you to please take the time to fill out this survey (150 people have completed this already). The data will be used to quantitatively assess the current situation our research community is facing. http://survey.ubc.ca/surveys/37-5be05ffd3c35dc1d006efa42bba/canadian-pi-survey/
Furthermore there are two online letter/petitions that offer you the chance to add your voice:
- The Canadian Society for Molecular Biosciences has just started an online petition to demand that CIHR returns to face-to-face peer review for the fall competitions, and that the Science review panel requires this as standard for tricouncil funding - a fallback plan if no action should be taken for the fall. https://www.csmb-scbm.ca/advocacy/Petition.aspx
- There is also an excellent letter by Jim Woodgett many people (over 1200) have signed already. If you have not signed the Woodgett letter and would like to, it can be viewed at: https://docs.google.com/document/d/1nzzO0tskEat4da-9azA0sv1PoqKt2NvKAN4Z0ErZdiE/edit?pref=2&pli=1 For this letter, you simply insert your name and affiliation into the online document and the author will accept the changes after reviewing them.
Many thanks to Brian Christie for the bones of this email.
所謂的同性相吸、異性相斥欸
這篇研究滿有趣的，不知道能不能用來解釋同性相斥、異性相吸 XD。我們不管在生活上或工作上免不了需要與他人合作，也許大家都有過類似的經驗，和不同性別的相處或合作的比較好。記得唸研究所時，我們實驗室的博士後跟我們說，最好找跟自己不同性別的指導教授或老闆，尤其女生要避免找女的指導教授，像隔壁實驗室的女教授收的女學生都待不久，通常不到一年就退掉，但是女教授和男博士後相處得很融洽。
這個研究找來 220 位參與者，男女性各 110 位，然後分成兩兩一組，有 39 組是男男，38 組是女女，34 組是男女。每組的兩個人會各自坐在電腦前，面對面中間隔著自己的電腦螢幕，遊戲方式是各自的電腦會先出現一個黑圈圈，然後黑圈圈會變成綠圈圈，看到綠圈圈的時候就要按某個鍵，看兩個人按鍵的時間相差多少秒，配合最好的情況當然就是同時按鍵，還有看性別是否會造成影響。遊戲進行的同時兩人的腦部的活動也被記錄，看人與人之間合作的時候是靠腦部哪個區塊來運作，還有男女之間腦部用來合作的區塊是否相同。
結果發現男女和男男這兩種組合的合作效果最好，女女的效果最差(怎麼感覺不意外 XD)。如果是同性的話，兩人腦部活動的區塊會漸漸整合(synchronize)，表示兩個人的腦部活動漸漸一致(inter-brain coherence)，整合度越高的兩人合作的也愈好，但是男女的腦部活動區塊不一樣。而男女一組的話，因為男女腦部活動的區塊不一樣，也就不會有整合的情況，而這個情況下腦部整合度和合作效果就沒太大關聯，雖然男女腦部不會整合，但互相合作的效果和男男組的一樣好，為什麼呢？則需要進一步的研究。
Article:
[NeuroScientist News] Study finds differences in male, female brain activity when it comes to cooperation
Paper:
Baker JM et al. Sex differences in neural and behavioral signatures of cooperation revealed by fNIRS hyperscanning. Scientific Reports, Published Online June 8 2016
這個研究找來 220 位參與者，男女性各 110 位，然後分成兩兩一組，有 39 組是男男，38 組是女女，34 組是男女。每組的兩個人會各自坐在電腦前，面對面中間隔著自己的電腦螢幕，遊戲方式是各自的電腦會先出現一個黑圈圈，然後黑圈圈會變成綠圈圈，看到綠圈圈的時候就要按某個鍵，看兩個人按鍵的時間相差多少秒，配合最好的情況當然就是同時按鍵，還有看性別是否會造成影響。遊戲進行的同時兩人的腦部的活動也被記錄，看人與人之間合作的時候是靠腦部哪個區塊來運作，還有男女之間腦部用來合作的區塊是否相同。
結果發現男女和男男這兩種組合的合作效果最好，女女的效果最差(怎麼感覺不意外 XD)。如果是同性的話，兩人腦部活動的區塊會漸漸整合(synchronize)，表示兩個人的腦部活動漸漸一致(inter-brain coherence)，整合度越高的兩人合作的也愈好，但是男女的腦部活動區塊不一樣。而男女一組的話，因為男女腦部活動的區塊不一樣，也就不會有整合的情況，而這個情況下腦部整合度和合作效果就沒太大關聯，雖然男女腦部不會整合，但互相合作的效果和男男組的一樣好，為什麼呢？則需要進一步的研究。
Article:
[NeuroScientist News] Study finds differences in male, female brain activity when it comes to cooperation
Paper:
Baker JM et al. Sex differences in neural and behavioral signatures of cooperation revealed by fNIRS hyperscanning. Scientific Reports, Published Online June 8 2016
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